Per l'estratto dell'atto di matrimonio ho avuto lo stesso problema, ma almeno mi hanno spiegato il motivo per cui se sei sposato a Messina, non puoi richiedere a Milano.
L'estratto è una trascrizione di alcuni dati presenti nell'atto di matrimonio, che è cartaceo ed è quello che firmi in chiesa/comune, e conservato presso il comune ove ti sei sposato.
Ad esempio, il comune di Milano te lo può anche fare l'estratto di quello fatto a Messina, ma in caso di qualche dato sbagliato (basta una lettera del codice fiscale), non puoi andare a lamentarti a Milano, bensì devi andare a Messina e far correggere l'errore. Se invece lo fai direttamente a Messina, l'errore può essere corretto contestualmente all'emissione dell'estratto.
L'altro motivo è che se lo fai a Milano, l'operatore non vede fisicamente l'atto di matrimonio, nè tantomeno le firme, ma vede solo dei dati al pc e quindi non può autenticarlo.
Potrebbero usare la "posta certificata", ma tu te li vedi a fare la scansione di tutti i documenti presenti in un'anagrafe??